국세청은 11월 3일, 주식 양도소득세를 신고하면서 기본공제 250만 원을 반영하지 않아 세금을 더 낸 4,687명에게 총 21억 원을 신청 없이 환급하였다고 밝혔습니다. 대상은 2021–2025년 귀속 신고분이고, 1인당 최대 79만 원입니다. 과세 대상 국내주식은 반기별 예정신고, 해외주식과 손익 합산은 확정신고로 나뉘는 구조여서 공제 누락이 생기기 쉽고, 스스로 경정청구를 한 납세자는 적었다는 것이 국세청의 설명입니다. 이번 대상이 아니더라도 주식을 양도하고 세금을 신고한 적이 있다면 신고서의 공제 내역을 확인하시기 바랍니다.
1. 직권환급
국세청이 2021–2025년 귀속 주식 양도소득세 신고를 다시 검토해, 기본공제를 적용받지 못해 세금을 더 낸 납세자에게 11월 3일 환급금을 지급하였습니다.
기본공제는 양도소득금액에 대한 공제액에 해당하므로, 환급액은 누락된 기본공제액에 대한 세금 상당액입니다.
국세청이 소개한 사례로는 대주주가 중소기업이 아닌 비상장법인 주식을 1년 미만 보유하고 양도해 30% 세율이 적용된 경우(2024년 귀속, 양도소득금액 6,001,449원)가 있습니다. 기본공제를 반영하면 양도소득세가 1,800,434원에서 1,050,434원으로 줄어, 본세 75만 원과 국세환급가산금 3만 6,110원을 합해 총 78만 6,110원이 환급대상액입니다.
환급 여부는 홈택스(또는 손택스)의 '환급금 상세조회'에서 확인합니다. 문자 안내를 받았는지와 관계없이 지급된 환급금과 지급 전 환급금을 모두 조회할 수 있습니다. 기존에 신고한 환급계좌가 있으면 자동으로 입금되고, 계좌가 없거나 해지된 경우에는 홈택스에서 본인 명의 계좌를 등록해 지급을 신청하거나 국세환급금통지서와 신분증을 가지고 우체국에서 현금으로 받을 수 있습니다.
입금액은 환급 세액과 다를 수 있습니다. 환급가산금(환급이 늦어진 데 대한 이자 성격의 금액)이 더해지고, 납부하지 않은 세금이 있으면 법에 따라 그 세금에 먼저 충당되기 때문입니다. 국세청은 이번 직권환급에 따른 개인지방소득세를 별도 신청 없이 양도소득세 환급금이 지급된 다음 달에 환급금의 10%만큼 자동 환급한다고 안내하였습니다. 환급 여부와 일정은 관할 지방자치단체에 확인하시기 바랍니다.
또한 국세청은 환급을 이유로 계좌 비밀번호, 카드번호, 인터넷뱅킹 정보를 묻거나 송금을 요청하지 않는다고 밝혔습니다. 이런 연락을 받았다면 경찰청(112), 금융감독원(1332), 한국인터넷진흥원(118)에 신고하시기 바랍니다.
2. 기본공제 250만 원의 적용 기준
양도소득이 있는 거주자는 소득 종류별로 연 250만 원을 해당 과세기간의 양도소득금액에서 공제받습니다.
「소득세법」 제103조 【양도소득 기본공제】
1. 제94조제1항제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 소득. 다만, 제104조제3항에 따른 미등기양도자산의 양도소득금액에 대해서는 그러하지 아니하다.
2. 제94조제1항제3호에 따른 소득
3. 제94조제1항제5호에 따른 소득
4. 제94조제1항제6호에 따른 소득
(제2항·제3항은 생략)
조문을 정리하면 다음과 같습니다.
- 부동산과 주식은 별도로 공제합니다. 토지·건물 등(제1호)과 주식등(제2호)은 서로 다른 묶음이므로, 같은 해에 과세 대상 부동산과 주식에서 양도소득금액이 발생하면 두 소득 구분별로 각각 연 250만 원을 한도로 공제합니다. 다만 미등기 양도 자산의 양도소득금액에는 기본공제가 적용되지 않습니다.
- 국내주식과 해외주식은 한 묶음입니다. 소득세법 제94조 제1항 제3호가 상장주식 중 대주주 거래 등, 비상장주식, 외국법인이 발행했거나 외국 시장에 상장된 주식등을 한 호에 담고 있어, 국내와 해외 주식을 모두 양도했더라도 공제는 합쳐서 연 250만 원입니다.
- 사용하지 못한 공제는 다음 해로 이월되지 않습니다. 공제는 해당 과세기간의 양도소득금액에서 하므로, 그해 주식 양도소득금액이 200만 원이면 200만 원만 공제되고 남은 50만 원은 소멸합니다.
3. 신고서 점검 체크리스트
양도세를 신고한 적이 있다면 해당 연도의 신고서 사본이나 홈택스 신고내역에서 다음 항목을 확인하시기 바랍니다.
- 양도소득금액에서 기본공제 250만 원이 공제되었는지, 공제 후 과세표준이 계산되었는지
- 같은 연도의 양도 횟수와, 예정신고·확정신고가 각각 어떻게 이루어졌는지
- 국내주식과 해외주식을 합쳐 연 250만 원 한도 안에서 공제되었는지(중복 공제나 이중 누락은 없는지)
- 공제 후 세액에 맞춰 지방소득세(10%)도 계산되었는지
환급금 상세조회에서 이번 환급이 확인되지 않더라도 공제가 빠진 경우가 있을 수 있으므로, 위 항목을 기준으로 신고 내역을 살펴보시기 바랍니다. 판단이 어렵다면 세무대리인에게 신고 내역 검토를 의뢰하는 방법도 있습니다.
4. 경정청구
신고한 세액이 법에 따라 납부해야 할 세액보다 많다면 경정청구로 바로잡을 수 있습니다. 경정청구는 신고한 과세표준이나 세액이 세법에 따라 신고해야 할 금액을 초과하는 경우, 관할 세무서장에게 이를 바로잡아 달라고 청구하는 절차입니다.
청구기한은 원칙적으로 해당 신고의 법정신고기한이 지난 후 5년입니다. 이번 직권환급에서 보듯 공제가 빠졌는데도 청구하지 않은 사례가 적지 않으므로, 기한이 지나기 전에 확인하시기 바랍니다.
이 글은 2026년 11월 4일 현재의 국세청 보도자료(2026.11.3.)와 소득세법 조문을 기준으로 일반적인 내용을 설명한 것입니다. 개별 신고 내용에 따라 공제 적용과 경정청구 가능 여부, 기한이 달라질 수 있으므로 별도 확인이 필요하며, 향후 국세청 안내에 따라 내용이 달라질 수 있습니다. 이 글은 개별 사안에 대한 세무 자문이 아니며, 이 글의 내용만으로 판단하거나 대응하여 발생한 결과에 대해서는 책임지지 않습니다. 법령과 국세청 안내는 이후 개정·변경될 수 있으니 실제 적용 전에 최신 내용을 확인하시기 바랍니다.